余店镇历史悠久。据记载，明清时期，余店分为余店东约、余店西约；1948年设余店为九区，1949年设余店为三区，1951年设余店为四区，1956年设立余店中心乡，1958年8月设立跃进(余店)人民公社，1960年更名为余店人民公社，1984年余店人民公社更名为余店乡，2005年12月原蛟停湖乡7个村委并入余店乡，2011年7月，余店撤乡建镇。境内有被列为县革命纪念地的港南村委黄刘营，系1947年刘邓大军千里跃进大别山强渡汝河处。